크리스마스 무렵, 당신은 평소와 같이 축제를 준비하고 있을 무렵 어느날 완전히 변해버린 "일상"과 만나게 된다. 스즈미야 하루히는 처음부터 없었던 것처럼 학교에서 사라졌고 SOS단도 자연스럽게 존재 자체가 사라졌다. 주변 인물들 하고도 모른 사이가 되었다. 이에 이렇게 변해버린 원인을 알아내기 위해 고군분투하기로 한다.